根据合约，承包商必须兴建钢屋架，可是承包商却没有那么做，屋顶设计属于开放式，没有考虑到冷气压缩机的规格，结果屋顶因积水而坍塌。
此外，由于承包商建筑设计不符合规格，导致建筑物地面积水、地上生虫、屋顶脱落、楼梯口溅雨等问题。
工程获拨逾1亿
2011年11月6日和2012年5月6日，总稽查司在检查该大学万捷校区时，分别发现了教学楼与创意科技系楼的屋顶坍塌。不过承包商在较后维修了这些损坏的地方。
《2012年总稽查司报告》指出，吉兰丹大学这两个校区出现多项问题。包括工程迟了176天至445天才竣工、承包商擅自改工程、工程没照原有规定、宿舍设备不足等。
在第九大马计划下，高教部拨出1亿6570万令吉进行增建工程，包括兴建万捷校舍、日里校舍及宿舍。
公共工程部在今年2月3日召开特别会议，促承包商改善日里校区所有走廊和屋顶，避免雨水进入楼梯口和走廊。
截至2012年11月，万捷校区有3个弊端未处理，日里校区则有689个弊端未处理。
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